A história de Final Fantasy XIII-2 começa um certo tempo depois do final do anterior. Para sermos mais exatos: três anos após. O cenário atual, ainda Gran Pulse, é um pouco diferente do que tínhamos encontrado no final do game passado – Lightning, a heroína da primeira aventura, está desaparecida, deixando sua irmã – Serah – sozinha. Mas nem tudo é o que parece.

Todos acreditam que Lightning está morta, mas Serah, de alguma forma, sabe a verdade. Para ela, sua irmã está presa em um tipo de dimensão paralela onde precisa combater forças do mal como uma espécie de divindade, com poderes além do imaginado.